بر اساس گزارشها، اختلاف درونی مسلمانهای بلژيک بر سر اين شورا نيز در تصميم گيری دولت بلژيک گنجانده شده است زيرا گفته شده که اين شورا بدون هماهنگی تمامی مسلمان از کشورهای گوناگون ساکن بلژيک ساخته شده است.

آقای Jo Vandeurzen وزير دادگستری بلژيک با اشاره به مشکلات مالی اين شورا آنرا "تاسف انگيز" برشمرد. وزارت دادگستری هفته ها پيشتر برای روشن شدن اين مشکلات از شورای مزبور درخواست اطلاعات بيشتری کرده بود ولی اطلاعاتی که به اين وزارتخانه فرستاده شد کافی و خرسند کننده نبوده است.

گفته می شود که وزارت دادگستری در نظر دارد پس از رای زنی با نمايندگان جامعه های گوناگون مسلمانان بلژيک شورای تازه ای را سازماندهی کند.